Ikarien är berättelsen om ett kompisgäng i Breslau (dagens Wrocław) i slutet av 1870-talet. De läser alla Étinne Cabets roman Resan till Ikarien, och imponeras och inspireras av den utopistiska socialistens tankar. De bestämmer sig för att följa Cabets uppmaning att flytta till USA och där köpa mark och grunda en socialistisk kommun.
Men det är också berättelsen om Michael Hansen, en ung amerikansk officer som våren 1945 återvänder till sitt födelseland. Där får han efter krigsslutet till uppgift att undersöka vilken roll professorn och genetikern Alfred Ploetz (som 1936 nominerades till Nobels fredspris) spelade för framväxten av rasbiologin, detta vansinne, i Hitlertyskland.
I München får han kontakt med det gamla bokhandelsbiträdet Wagner, en övertygad socialist, som har överlevt kriget gömd i källaren under ett antikvariat. Under en lång, varm sommar berättar Wagner för Hansen om vänskapen med Ploetz och de andra i gänget från Breslau (bl.a. Gerhart Hauptmann, som 1912 tilldelades Nobelpriset i litteratur), hur det gick skilda vägar och hur vetenskapliga teorier kan krossa all form av empati och medmänsklighet.
Men Ikarien är inte bara en roman om vänskap, utopi, svek och dårskap, utan också om kärlek, och ett par druckna kråkor.